En avril 1946, cinq U-boote sont attachés à la base de Lorient et servent, à la fin de la même année, à la création de la « deuxième escadrille de sous-marins».
Celle-ci est cependant dissoute à la fin de l'année 1948 et les sous-marins sont réaffectés à Toulon.
En 1953, la base retrouve son affectation première et, le 1er janvier 1958, la deuxième escadrille de sous-marins est reconstituée.